크론병은 식도에서 항문까지 어디에도 병변이 발생할 수 있지만 회장에서 가장 흔히 생깁니다. 소장을 침범하는 경우가 30%, 대장에만 생기는 경우가 30%, 소장과 대장을 모두 침범하는 경우가 40%정도 됩니다. 크론병은 궤양성대장염과는 달리 직장 침범이 드물고 대신 치열이나 항문주위 농양, 치루 등의 항문주위에 병변이 잘 생깁니다. 장 전층에 병변이 생기게 되어 농양이나 주위의 장, 방광, 질 또는 피부로 누공을 잘 형성하게 되고 장관협착이나 폐쇄로 수술하게 되는 경우도 흔합니다.크론병증상은 병변 침범부위에 따라 복통, 설사, 발열, 체중감소, 식욕감퇴 등의 증상이 흔하게 관찰됩니다. 그 밖에도 관절, 눈, 피부, 간, 담도, 신장 등의 장외 증상도 비교적 잘 생기는 편입니다. 크론병은 오래 진행되면 소장 대장 모두에 암의 발생가능성이 있고, 회장선암빈도가 일반인의 100배로 상당히 높게 나타나며 특히 회음부 병변이 있는 환자의 경우 외음부와 항문에 편평상피임종과 임파종의 빈도가 높습니다.